[CPMD-list] (no subject)

Wed Oct 10 18:17:31 CET 2007

Dear K.Dong,
   A CPMD time step of 10 a.u. with EMASS=600 appears to be on the high
side. I would suggest to stick with 5 a.u. (which could be a
conservative value, but is safe).
   Have you deuterated the hydrogens? That could be useful too.

Also, did you copy (cut+paste) the input file in your mail, or did you
type it in? (I noticed a typo in the "MOLECULAR DYNAMICS" line).

Best,
Bala

> Dear every cpmd user,
> &nbsp; I am studying a mixture of water and aother solvant.
> &nbsp;&nbsp;After&nbsp;5ns using classical&nbsp;MD, I pick up a
> configuration as initial&nbsp;geometry to&nbsp;carry
> out&nbsp;the&nbsp;CPMD.
> &nbsp; After optimization of wavefunctions, the molecular dynamic&nbsp;was
> carried&nbsp;out, &nbsp;my input file look like as follows,
> &nbsp;&nbsp; &CPMD
> &nbsp;&nbsp; MOLECULAR DYNAIMCS CP
> &nbsp;&nbsp; RESTART WAVEFUNCTIONS COORDINATES LATEST
> &nbsp;&nbsp; MAXSTEP
> &nbsp;&nbsp; 10000
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;TIMESTEP
> &nbsp;&nbsp; 5.0
> &nbsp;&nbsp; EMASS
> &nbsp;&nbsp; 600
> &nbsp;&nbsp;&nbsp; NOSE IONS
> &nbsp;&nbsp;&nbsp; 350.0 3000.0
> &nbsp;&nbsp;&nbsp; &END
> &nbsp;&nbsp;&nbsp; ........
> &nbsp;
> &nbsp;
> &nbsp;&nbsp; My system contains 624 atoms, the DFT is BLYP.
> &nbsp;&nbsp; but the output file look like as follows,
> &nbsp; TOTAL INTEGRATED ELECTRONIC DENSITY
> &nbsp;&nbsp;&nbsp; IN G-SPACE
> =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> 1296.000000
> &nbsp;&nbsp;&nbsp; IN R-SPACE
> =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> 1296.000000
> &nbsp;
> &nbsp;(K+E1+L+N+X)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> TOTAL ENERGY =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> 1060.70424073 A.U.
> &nbsp;(K)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> KINETIC ENERGY =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> 1152.16714712 A.U.
> &nbsp;(E1=A-S+R)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ELECTROSTATIC ENERGY
> =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 623.45349978 A.U.
> &nbsp;(S)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> ESELF =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1633.00373444 A.U.
> &nbsp;(R)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> ESR =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 104.08282525
> A.U.
> &nbsp;(L)&nbsp;&nbsp;&nbsp; LOCAL PSEUDOPOTENTIAL ENERGY
> =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -246.43453910 A.U.
> &nbsp;(N)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N-L PSEUDOPOTENTIAL ENERGY
> =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 71.85023843
> A.U.
> &nbsp;(X)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; EXCHANGE-CORRELATION ENERGY
> =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -540.33210550 A.U.
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GRADIENT CORRECTION
> ENERGY =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> -27.19522460 A.U.
> &nbsp;
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NFI&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> EKINC&nbsp;&nbsp;
> TEMPP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> EKS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> ECLASSIC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> EHAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DIS&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> TCPU
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1405.82400&nbsp;
> 2304.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1060.70424&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> 1066.65044&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1472.47444&nbsp;&nbsp; 0.267E-04&nbsp;&nbsp;
> 49.31
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2*********&nbsp;
> 7683.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 362.41271&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> 382.25520&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1442.24111&nbsp;&nbsp; 0.378E-03&nbsp;&nbsp;
> 49.88
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3*********
> 14286.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; -161.05320&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> -123.98183&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1426.36893&nbsp;&nbsp; 0.175E-02&nbsp;&nbsp;
> 49.81
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4*********
> 19178.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; -479.07083&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> -428.70524&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1421.92633&nbsp;&nbsp; 0.480E-02&nbsp;&nbsp;
> 50.82
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5*********
> 21004.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; -615.53653&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> -559.18291&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1423.61595&nbsp;&nbsp; 0.964E-02&nbsp;&nbsp;
> 50.08
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6*********
> 20588.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; -639.97824&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> -583.17403&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1430.63220&nbsp;&nbsp; 0.158E-01&nbsp;&nbsp;
> 50.54
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7*********
> 19201.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; -640.22750&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> -585.70370&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1433.66427&nbsp;&nbsp; 0.224E-01&nbsp;&nbsp;
> 50.18
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8*********
> 17441.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -638.63291&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> -587.47348&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1433.66556&nbsp;&nbsp; 0.289E-01&nbsp;&nbsp;
> 50.27
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9*********
> 15586.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; -621.54404&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> -574.06576&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1436.47016&nbsp;&nbsp; 0.349E-01&nbsp;&nbsp;
> 50.37
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10*********
> 13990.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; -597.68101&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> -553.27424&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1438.53594&nbsp;&nbsp; 0.403E-01&nbsp;&nbsp;
> 49.54
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11*********
> 12777.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; -578.07436&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> -535.81504&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1440.02596&nbsp;&nbsp; 0.452E-01&nbsp;&nbsp;
> 49.83
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12*********
> 11812.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; -571.61753&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> -530.92881&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1440.10169&nbsp;&nbsp; 0.498E-01&nbsp;&nbsp;
> 50.14
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13*********
> 10988.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; -577.18200&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> -537.76902&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1438.61381&nbsp;&nbsp; 0.540E-01&nbsp;&nbsp;
> 50.15
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14*********
> 10240.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; -582.77211&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> -544.49911&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1438.13870&nbsp;&nbsp; 0.579E-01&nbsp;&nbsp;
> 50.56
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15*********&nbsp;
> 9584.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; -583.12336&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> -545.81173&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1438.55877&nbsp;&nbsp; 0.613E-01&nbsp;&nbsp;
> 49.97
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16*********&nbsp;
> 9040.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; -581.73781&nbsp;&nbsp;&nbsp;
> -545.14929&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1439.51770&nbsp;&nbsp; 0.643E-01&nbsp;&nbsp;
> 50.37
> &nbsp;&nbsp; Originally, I think the timestep is not correct, but when the
> timestep is increased to 10.0, the NaN ocurred, so I did not know the
> reasons,
> can you help me?
>
> &nbsp;
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Best Regards
> &nbsp;&nbsp;&nbsp; k.dong&nbsp;
> &nbsp;
> 2007-08-28&nbsp;
>
>
>
> K. dong
> Institute of Process Engineering
> Chinese Academy of Sciences
> P. O. BOX 63, Beijing 100080
> The People's Republic of China
> E-mail: dongkun at home.ipe.ac.cn
> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;kdong at foxmail.com
>
> -------------------------------------------------------------------
> ¼ÑÄÜÊ®ÖÜÄê¼ÍÄîÓÐ½±´ðÌâ»î¶¯£¡ÇáËÉ´ðÌâ£¬¿ìÀÖµÃ½±£¡(
> http://d1.sina.com.cn/sina/limeng3/mail_zhuiyu/2007/mail_zhuiyu_20071008.html
> )
>
> ===================================================================
> ×¢²áÐÂÀË2GÃâ·ÑÓÊÏä£¨http://mail.sina.com.cn/£©_______________________________________________
> CPMD-list mailing list
> CPMD-list at cpmd.org
> http://cpmd.org/mailman/listinfo/cpmd-list
>